그는 서울시에 근무하던 시절 공무원 교육원에서 추진하던 이런닝 사업이 현실성이 부족함을 절감해 청주시장으로 취임한 이후 행정의 계속성을 위해 전임시장의 모든 사업을 이어 받았지만 180억원 규모의 이런닝 사업은 전면 백지화 한 바 있다고 말했다.

이어 그는 하물며 국가 100년 대계를 세워야 하는 대통령의 입장에선 국민과의 약속도 중요하지만 그 이상으로 국가정책 결정의 수정도 필요한 법이다고 덧붙였다. 또, 이제 충남의 논리대로 청주시가 살 필요가 없다며 청주시는 국가 정책에 반하는 어떠한 길도 가지 않을 것임을 강조했다.

설령 그것이 청주의 이익에 반한다면 대안을 찾아 해결해 나갈 것임을 강조했다. 또한 현재 진행 중인 청주·청원 행정구역 통합이후 세종시 수정으로 인한 빨대효과로 오송 첨복단지 조성의 어려움에 대한 기자의 질문에 대해선 현재 청주시장으로 답변할 사안이 아니란 말로 일축했다.

이를 놓고 충북 시민사회단체는 곧바로 현 정권에 코드 맞추기에 나선 청주시장에 대한 비판의 목소리를 높여갔다. 한마디로 '정당공천제의 폐해라며 공천에 눈이 멀어 민선 자치단체장으로서 역할을 망각했다'는 지적이다. 청원청주통합군민추진위원회는 행정구역 통합에 결코 도움이 되지 않는 청주시장의 세종시 수정 지지발언에 대해 공개사과 등을 요구하기도 했다.

이이 대해 남상우 청주시장은 공천에 연연한 발언이 아님을 강조했다. 내년 지방선거 한나라당 청주시장 후보 공천은 2차례의 여론조사에 의해 결정된다며 여전히 시민이 뽑는 것임을 설명했다.

하지만 정부의 세종 시 수정안이 확정 발표되지 않은 상황에서 남상우 청주시장의 발언은 시기적으로 부적절했다는 평가가 지배적이다. 특히 청주청원 통합시장 출마 입장을 공공연하게 밝힌 그가 지역 기업도시에 빨간불이 드리워질 세종시 수정안에 대해 지지발언을 하는 것은 납득이 가지 않는다는 것이다.

그러나 남 시장의 최측근들은 남상우 청주시장의 높은 수 싸움을 얘기한다. 청주청원 행정구역이 통합되기 이전에 청주시는 여전히 주변인에 불과하다. 하지만 행정구역 통합 이후엔 대전 대덕연구단지와 (세종시)과학교육도시, 오송 첨복단지·오창 과학산업단지를 과학비즈니스벨트로 이을 수 있다는 것이다.

즉 충남지사처럼 결의를 보여주기 위해 총알받이로 나서기보다 중앙정부와의 협상창구를 마련해 놓고 청주청원행정구역 통합을 넘어 정체성이 정립되어 있지 않은 세종시까지 통합한 인구 130만의 광역행정도시를 바라고 있다는 것이다.