청주시 의뢰로 충청대 산학협력단은 지난 2007년 5월부터 무심천 12 구간에서 생태계 모니터링을 실시해 왔다.

무심천 생태계 모니터링 결과 장평교 인근에서 천연기념물 수달과 원앙과 황조롱이, 고라니, 너구리, 족제비 등이 서식하고 있는 것으로 조사됐다.

또 멸종위기종인 흰목물떼새와 흰뺨검둥오리, 청둥오리, 왜가리 등 36종의 철새와 텃새도 무심천 하류를 중심으로 관찰됐다.

수생생물로는 모래무지와 납자루, 버들치 등 27종의 어류와 여치, 네발나비, 폭탄벌레 등 149종의 곤충, 황소개구리 등 11종의 양서·파충류가 서식하고 있는 것으로 조사됐다.

무심천의 다양한 생물군 분포는 그러나 생태계를 교란하는 배스, 황소개구리, 붉은귀거북, 주홍날개꽃매미, 돼지풀. 가시박 등도 무심천에서 발견돼 생태계 교란에 대한 대책 마련이 필요한 것으로 드러났다.

특히 개망초, 달맞이꽃, 미국미역취, 다닥냉이, 붉은토끼풀 등의 외래식물은 분포지역이 급속히 늘어나면서 토종식물의 자생력을 위협하고 있는 것으로 조사됐다.

이외에도 무심천 수변에 가죽나무 수량이 늘어나면서 주홍날개꽃매미가 증가하고 있고, 배스와 블루길 등 생태계를 교란시키는 어류도 무심천 대부분의 구간에 분포하고 있는 것으로 나타나 외래종 증가 예방을 위한 강구책이 요구되고 있다.