충청매일은 지난 1월 13일부터 3일간에 걸쳐 '지역신문발전법 이대로 좋은가' 라는 제목의 연속기사와 사설을 통해 지역신문발전위원회의 구성과 운영 등에 대한 비판적 내용을 보도했다. 충청매일은 지역신문발전지원특별법에 의거한 지역신문발전위원회의 심사기준이 객관성과 투명성이 결여되고 친정부 성향 조장을 통해 언론 길들이기를 하려한다는 취지로 보도했다.

또한 '노무현 정부에 비판적 입장을 갖고 있는 보수적 신문사가 탈락하고 진보적 성향의 신문사가 선정됐다"고 강변했다. 아울러 '신문사의 로비능력에 따라 주관적 평가가 객관적 평가로 둔갑할 수 있고 기금지원대상 선정 때만 되면 언론계에서 누구누구를 만나야 한다는 소문이 나돈다'는 미확인 보도를 하기도 했다.

한편 지역신문발전위원회측은 "지역신문의 자립기반 확충을 위해 마련한 제도에 대해 최소한의 확인취재도 없이 비방일색의 보도를 한 것은 매우 유감스럽다. 민사소송까지 병행해야 한다는 내부의견도 있었지만 단체의 특성을 감안해 반론보도문 게재에 합의했다"고 말했다.

충청매일은 지난 2005년과 2006년 지역신문발전위 우선지원대상 신문사 지원신청을 냈으나 탈락했고 이후 2007년과 2008년 지원사업에는 신청을 하지 않았다. 이에대해 지역 언론계 일부에서는 "애초부터 지원신청을 하지 않은 처지도 아니고 2번 탈락한 후에 이런 식의 기사를 쓴다면 '못먹는 감 찔러나 본다'는 오해를 받기 십상이다. 더구나 충북에서 선정된 5개 신문사는 오히려 뭔가 문제가 있는 신문사처럼 매도당한 것이다. 지역신문 사상 유례가 없는 2000자 분량의 반론보도문을 무거운 심정으로 읽어봐야 한다"고 말했다.