이듬해 개교를 앞둔 단재고 교육과정에 IB 교육 과정을 졸속 도입하려 한다는 비판이 제기됐다.

충북도교육청이 단재고 교육과정 안내 자료를 발표하면서 IB(국제 바칼로레아, International Baccalaureate) 교육 과정을 일부 적용하겠다는 내용을 담았다. 이에 학생의 자기주도적 활동을 기반으로 한 공립형 대안학교를 입시를 위한 ‘특권학교’로 변질시키려 한다는 우려가 나타난 것.  

23일 단재고 정상개교를 위한 도민행동(이하 단재고 도민행동)과 충북교육연대는 공동 기자회견을 열고 "충북교육청은 지난해 교사와 학부모들의 반대에도 불구하고 5년간의 연구와 열망으로 이뤄낸 단재고 교육과정을 백지화했다"며 "그동안 일언반구도 없이 학생 모집을 불과 두달 남겨놓고 발표한 내용이 그럴싸한 좋은 말로 꾸민 대안학교의 교육 철학에 반하는 교육프로그램 뿐"이라고 비판했다. 

IB 수업을 일부 적용할 것이라는 내용에 "고가의 해외 교육 프로그램을 이식해 기반도 마련되지 않는 프로그램을 도입하겠다는 것은 어불성설"이라며 "막대한 예산 투입이 우려되는 IB 교육 과정이 기존의 행복씨앗학교, 대안학교와 어떠한 차이점이 있는지 대답해달라"고 지적했다. 

또한 충북교육청은 단재고 도민행동과의 대화와 협의 과정을 거부해왔다. 이에 교육주체와 소통없이 이뤄진 미래교육이 실효성이 있겠느냔 비판이 일었다.

단재고 개교를 앞두고 열린 지역사회 주민 설명회에선 배포한 '단재고 교육과정 자료'마저 외부 유출을 금지하며 이를 회수했다고 알려져 우려를 키우고 있다. 

단재고 도민행동은 "윤건영 교육감은 불통과 독선으로 개교 연기를 강행했다"며 "이를 납득할 만한 새로운 교육과정도 없으며 이를 개발함에 있어서 도민의 의견을 적극 수렴하고 함께 만들어가려는 노력조차 없었다"고 지적했다.