당시 교과부와 구조개혁위에서는 전국 38개 국립대를 대상으로 취업률, 재학생 충원율 등으로 평가해 하위 15%에 해당하는 대학 5곳을 구조개혁 대상으로 지정했다.

교육부와 구조개혁위에서는 ‘구조개혁 중점추진 국립대학’으로 선정된 학교들에게 일정 기간 안에 자체 구조개혁을 요구했고 성과를 내지 못하거나 구조개혁 미이행 시 입학생 정원 감축, 정부로부터 받는 예산 감액, 교수정원 추가 배정 제외 등의 조치를 취한다는 방침을 내렸다. 당시 충북대학교는 구조개혁의 대상이 되었지만 ‘2단계 국립대 선진화방안’의 으뜸으로 강조된 총장직선제 폐지를 수용하면서 구조개혁 대상에서 면제됐다.

사회과학대학 교수회와 인문대학교수회 그리고 충북시민단체연대회의에서는 총장직선제 폐지 반대에 대한 목소리를 내기도 하였지만, 총장직선제 폐지에 대한 찬반투표에서 투표 참여자 1,056명 가운데 92.47%의 찬성으로 직선제 폐지가 결정되었다.

당시 교수회 회장을 맞고 있던 서관모 교수는 충청리뷰와의 인터뷰에서 교육부에서 제시한 총장직선제 폐지에 대하여 “소나기를 피해 가려 직원들이 총장직선제 폐지를 수용했는지 모르겠지만 미래에 더 큰 것을 잃을 수도 있다”며 우려를 표했다.

당시의 투표로 인해 1990년부터 22년간 총장을 직선제로 총장을 선출하던 충북대학교의 총장 선출 방식은 간선제로 개정됐다.

또한 총장임용추천위원회(이하 총추위)에 들어갈 학내 구성 비율을 놓고 교수회와 직원회 사이에 신경전 또한 지속되었다. 충북대 학칙에 따라 총장 임기만료일의 180일 전까지 총장후보자선정관리위원회를 구성해야 하고, 총장 임기만료일 120일 전까지 총추위가 구성되어야 하지만 거듭되는 교수회와 직원·동문회 사이에서 총추위 구성 비율을 놓고 갈등이 계속됐다.

또한 2월 17일 김승택 총장이 총장직을 사직하고 총장 선거에 출마하면서 또 다른 문제가 불거졌다. 충북대 학칙에는 ‘재임 중인 총장이 총장후보자로 접수하는 경우에는 총장이 사직원을 제출한 날부터 학칙 제 14조 제 1항의 직제 순에 따라 그 직무를 대행한다’라는 조항이 명시되어 있었지만, 교무회의에서 당초 ‘총장이 사퇴한 날부터 직무 대행한다’는 총장 후보자 선출규정을 ‘사직원만 제출’하면 가능하도록 수정했다.

이에 대해 일부 교수들은 이 수정안이 결국에는 “현 김승택 총장이 차기 총장에 출마할 수 있는 길을 열어줬다”며 반발했다.

이후, 4월 27일 총장임용후보자 선관위가 구성되어 앞으로의 선거 일정을 진행할 수 있게 되었고, 5월 28일까지 9명의 총장선고 후보가 등록을 마쳤다.

하지만 이 와중에도 총추위는 구성되지 않았고 총장선거를 8일 앞둔 6월 10일이 되서야 교수회와 직원회 간의 합의를 통해 총추위가 구성됐다. 6월 18일 총장선거에서는 모두 4번의 투표를 실시해 윤여표 약학과 교수가 1순위로 당선됐다.