최근 북한어선과 해군의 교신내용이 한나라당에 의해 폭로되고 외교통상부의 감사자료가 언론에 보도되는 등 정부의 비밀사안이 유출되자 정부가 집안단속에 나섰고 국정원 보안점검이 재등장한 계기가 됐다는 분석이다. 국정원은 13일 밤 서울 정부중앙청사의 국무총리실과 행자부ㆍ외교통상부등 4개 부처를 상대로 불시 보안점검을 시도했다.

그러나 총리실 관계자가 ‘합동조사규정에 어굿난다’며 이의를 제기하면서 조사는 불발로 끝났고 이같은 사실이 야당과 언론을 통해 정치적 쟁점으로 떠오르게 된 것이다. 한나라당측은 “과거 군사정권의 관 통제수단으로 악용돼 문민정부가 폐지시킨 제도를 DJ정부가 부활시킨것은 정권 안보차원으로 볼 수밖에 없다. 민심이반이 심화돼 정권위기감이 고조되자 정보기관을 통한 공무원 조직 장악을 통해 재집권을 노리는 술책’’이라고 비판하고 나섰다.

이에대해 국정원측은 “이번에 실시한 것은 보안측적으로 공직자들의 직무수행상 보안업무규정(대통령령 5004호) 준수여부를 점검ㆍ확인하는 것으로 위법사실을 적발ㆍ징계요구하는 ‘감사' 와는 전혀 성격이 다르다. 각 부처 총무과장을 통해 장관에게 점검계획을 보고한 후 장관의 승인을 득해 합동으로 실시한 것으로 일부 언론에서 불법 보안조사 운운한 것은 사실이 아니다”고 반박했다.

한편 지난 99년 4월 정부 합동보안진단반에 국정원 직원이 참여한 것이 논란이 되자 당시 국정원측은 국가정보원법 제5항 ‘정보 및 보안업무의 기획조정’ 규정에 따라 인력지원을 한 것이라고 해명하기도 했다.