윤진식 의원은 이시종 도지사, 우건도 충주시장과 당적이 다르다. 윤 의원은 한나라당, 이 지사-우 시장은 민주당이다.
이를 두고 일각에서는 당색이 다른 것이 지역발전에 저해요인이 되는 것 아니냐는 우려의 목소리가 있다.

실제 김선길(전 국회의원)-이원성(전 국회의원)-이시종(전 국회의원, 전 시장)-한창희·김호복(전 시장)으로 이어지는 역대 국회의원, 시장과의 관계는 매끄럽지 못한 것이 사실이었다. 예산확보를 두고도 누구의 공인지 보도시점을 둘러싸고 미묘한 관계를 유지해왔다. 지난해도 세계조정선수권대회 국비 확보와 관련해 지역구 국회의원과 자치단체장 간 ‘파트너십이 부족하다’는 지적이 일었다.

당시 김호복 시장은 2010년도 SOC사업 예산에 제외될 위기에 처한 북충주IC~가금 간 국지도 확·포장(조정대회 진입로) 공사와 관련, “2008년 이 구간 실시설계비도 국회 예결위 계수조정과정에서 확보했다”고 말했다.

이시종 의원 측은 이와 관련해 “2008년 실시설계비를 반영하기 위해 이 의원이 얼마나 노력했는지 모른다”며 “김 시장이 국회 예결위 계수조정과정에 참여하는 것은 아니질 않느냐”고 반문했다.

따라서 이런 행태들을 접한 시민들은 지역현안 관련 예산을 용이하게 확보하기 위해 국회의원과 지자체장이 각자의 공적을 내세우기보다 같이 연대해 목표를 달성해야 한다고 목소리를 냈었다.
이런 우려의 목소리를 의식이라도 한 듯 윤 의원은 7·28선거기간 중 충주발전을 위해서 여야가 따로 있을 수 없다고 줄곧 주장해 왔다.

특히 윤 의원은 이시종 지사와 친구이기 때문에 충북과 충주 발전을 위해 협력하지 못할 이유가 없다고 말하고 있다.

아울러 “제가 당선되던 날 우 시장이 선거사무소에 직접 찾아와 축하해줬다”며 “최근 20여 년간 현역시장이 국회의원 당선인을 직접 찾아와 축하인사를 건넨 사례가 없던 것으로 안다고” 언급, 서로 협력해서 지역발전을 이끌 의지를 보였다.

한편, 윤 의원은 도당위원장을 맡지 않고, 충주시당협위원장만 당연직으로 유지하며 지역구 활동에 매진할 예정이다.

윤 의원은 “도당위원장을 맡지 않겠다”며 “이시종 지사, 우건도 시장과의 유기적 협력관계 속에 지역구 활동에 최선을 다할 계획”이라고 언급했다.