1992년 8월 강인호 전 운호학원 이사장의 미국 도피와 법인부도를 계기로 촉발된 서원학원 사태는 2003년 12월 취임한 박인목 전 이사장의 채무불이행 문제가 수면 위로 부상하면서 재단퇴진 운동에 불이 붙기 시작했다.

서원학원 재단퇴진운동은 2008년 3월 서원대 총학생회의 총장실 점거를 신호탄으로 본격화됐다. 서원대 교수회, 직원노조, 조교노조 등으로 구성된 범대책위원회가 본격 가동하면서 사회단체, 정치인, 지역인사들이 서원대 사태에 시선을 돌리기 시작했고 2008년 말부터 교과부가 적극 개입하면서 서원대 사태는 중요한 고비를 맞게 된다. 다음은 서원학원 분규와 관련한 주요일지.

▲2003년 12월 = 박인목 이사장 법인 부채(약 260억원) 해결 약속하며 서원학원 인수
▲2008년 3월 3일 = 서원대 총학생회, 부채해결 요구하며 이사장실 점거 농성
▲2008년 3월 5일 = 박인목 이사장 "부채해결하겠다" 약속
▲2008년 4월 14일 = 서원대 교수회 총장실 점거농성
▲2008년 5월 1일 = 범대위, 행정동·보직쇼수 집무실 점거
▲2008년 6월 = 서원대 직원노조, 학내사태 개입선언
▲2008년 6월 23일 = 충북시민사회단체연대회의, 서원학원에 부채해결 촉구
▲2008년 7월 14일 = 현대백화점 그룹 "서원학원 인수 추진" 발표
▲2008년 7월 28일 = 현대백화점 그룹 "인수협상하자" 공식제의
▲2008년 7월 21일 = 서원학원 "매각 의사 없다" 선언
▲2008년 7월 24일 = 정우택 도시자, 이기용 교육감 서원학원 사태 원만한 해결 주문
▲2008년 8월 = 서원대 구성원·퇴직교원 등 "현대백화점 인수 환영"
▲2008년 9월 = 서원대 총동문회, 박 전이사장 용퇴 촉구
▲2008년 10월 = 서원대 범대위, 비자금 의혹 제기
▲2008년 10월 = 해외도피 최완배 전 이사장 자진귀국
▲2008년 10월 10일 = 청주지검, 업무방해 등의 혐의로 박인목 이사장 불구속 기소
▲2008년 11월 = 경찰, 서원대 압수수색(교비횡령 혐의)
▲2008년 11월 = 교과부, 서원학원에 "협약서 이행하지 않으면 법적 절차 밟겠다" 통보
▲2008년 11월 27일 = 현대백화점 그룹, 박인목 이사장 재산 가압류
▲2008년 12월 10∼26일 = 교과부, 서원학원에 대한 종합감사 실시
▲2008년 12월 19일 = 서원학원, 교과부에 임기만료 임원 4명 재승인 요청
▲2009년 3월 11일 = 교과부, 서원학원에 감사결과 통보
▲2009년 4월 29일 = 교과부, 서원학원에 계고처분
▲2009년 5월 15일 = 서원학원, 김정기 총장 재임명
▲2009년 6월 9일 = 교과부, 서원학원 박 이사장 등에 대한 1차 청문 실시
▲2009년 6월 25일 = 청주지검, 박 이사장에 징역 2년6월 구형
▲2009년 8월 4일 = 김정기 신임 총장, 교과부 재청문 방침에 반발해 사의 표명
▲2009년 8월 11일 = 청주지법, 박 이사장에 징역 2년, 집행유예 3년 선고
▲2009년 8월 31일 = 교과부, 박 이사장 등에 대한 2차 청문 실시
▲2009년 9월 1일 = 서원대생, 박 이사장 퇴진 요구하며 수업거부 돌입
▲2009년 9월 21일 = 교과부, 서원학원 임원 전원 승인 취소
▲2009년 12월 = 교과부, 서원학원에 임시이사 4명 파견
▲2010년 5월 = 서원학원 종전이사 직위상실, 임시이사단 장악
▲2010년 6월 24일 = 법원, 박 전 이사장에 징역 1년 집유 2년 선고(업무방해 등 혐의)
▲2010년 6월 29일 = 사학분쟁조정위원회, 임시이사 4명 추가파견 승인