이 소송의 1심 법원인 서울 중앙지방법원은 원고측인 서울 예술의전당의 청구를 인용하여 원고측의 손을 들어 주었고, 이 판결에 불복한 청주시 등이 서울고등법원 항소를 제기함과 동시에 청주, 대전, 의정부시는 ‘권리범위확인심판청구소송’과 ‘등록무효심판청구소송’을 각각 2005년 4월과 6월에 제기하였다.

이 사건에 있어서 특허심판원은 2006년 1월 청주시 등의 청구를 받아들여 원고들에게 승소판결을 하자 같은 해 2006년 2월 28일 서울 예술의전당은 특허법원에 심결취소 소송을 제기하였고, 이에 대해 특허법원은 2006. 10. 11. 서울 예술의전당의 청구를 기각하여 청주시가 승소하였다.

그럼에도 서울고등법원은 2005나35938호 민사사건의 2006. 12. 12. 판결에서 청주시 등에 대하여 『‘예술의 전당이라는 문구가 포함된 표장을 간판, 현수막, 게시판, 벽보, 안내표지판, 홍보물, 인쇄물, 광고지, 기념품 및 인터넷 홈페이지에 사용하여서는 아니되며, 각 ‘예술의 전당’이라는 문구가 포함된 표장이 사용된 간판, 현수막, 게시판, 벽보, 안내표지판을 철거하고, 같은 표장이 사용된 홍보물, 인쇄물, 광고지, 기념품을 폐기고, 서울 예술의 전당에게 청주시는 20,000,000원, 의정부시, 대전광역시는 각 10,000,000원을 지급하라』고 판결하였다.

대법원 2007다4899호 판결에서는 『(중략)청주시 등이 ‘예술의 전당’이라는 문구가 공통적으로 포함된 영업표지를 사용하고 있다고 하더라도 일반수요자나 거래자가 서울에 소재한 서울 예술의전당의 영업과 동일한 것으로 오인하거나 이들 영업시설이나 활동 사이에 영업상 · 조직상 · 재정상 또는 계약상 어떤 관계가 있는 것으로 혼동할 우려가 있다고 보기 어렵다』고 판시한 것이다.

결국 예술의전당이라는 명칭을 두고 민사법원과 특허법원의 뚜렷한 시각차가 나타냈다. 서울 예술의전당이 상고한 특허사건인 2006후 3458호 사건에 대해서 대법원은 2008. 12. 11. 서울 예술의 전당의 청구를 각하하여 청주시에 손을 들어 주었고, 민사사건의 상고심 사건인 2007다4899호 판결을 통하여 서울 예술의전당의 청구가 부당하다는 취지의 판결을 하면서 서울고등법원의 항소심 판결을 파기하여 환송함으로써 예술의전당 명칭에 대한 5년간의 사용권 분쟁에 대해 종지부를 찍게 됐다.

‘예술의 전당’은 말 그대로 지방에서는 문화·예술 분야의 가장 권위 있고, 중심이 되는 핵심시설을 가진 곳으로 상징성을 가진 곳이기 때문에 단순하게 일반 상표와 같은 시각에서 이를 판단하는 것은 잘못이다.