천주교 청주교구가 지난 4일 꽃동네 오웅진 신부에 대한 검찰의 수사결과를 비판하는 내용의 성명서를 발표했다.  청주교구 꽃동네 대책위원회는 '검찰의 수사결과 발표에 대한 교구의 견해'라는 제목의 성명서에서 "검찰의 수사결과 발표내용 중 구체적 증거가 미비하거나 상식적으로 이해할 수 없는 부분이 많아 유감스럽다"고 밝혔다.

또한 "꽃동네 수도자들이 수사에 응해 사실관계를 밝히고 꽃동네 특성과 교회의 고유한 성격을 밝혔음에도 검찰은 이를 전혀 반영하지 않아 수사가 의도적이었다는 의구심을 버릴 수 없다"고 주장했다. 대책위는 "그동안 오신부의 개인비리나 부동산투기, 개인적 횡령은 결코 없었다"며 "앞으로 재판과정을 통해 검찰의 편파적 시각에서 비롯된 기소내용이 해명되고 오신부와 꽃동네 수도회의 공과가 올바로 평가되길 바란다"고 밝혔다.

천주교계의 반발에 대해 지역 법조계 일부에서는 "공소사실로 볼 때 오신부가 개인적 이득을 취한 비리혐의로는 형제에게 일부 공사를 맡기고 차명으로 토지매입해 경작하게 한 것 등이 해당될 것이다. 다른 횡령혐의는 시설운영에 지출됐거나 교계내에서 전용했다가 다시 환수조치한 부분이다. 법리논쟁이 뜨겁게 재연될 것으로 보인다"

이에대해 이현로신부는 "재판과정에서 검찰의 잘못된 수사가 있었다면 책임을 물을 수도 있다"고 덧붙여 향후 오신부의 법정 무죄공방에 따라 천주교 청주교구의 대응이 주목되고 있다.