하지만 2006년 3월 안산시가 시화MTV사업이 지역경제에 악영향을 끼친다며 협의회 탈퇴를 선언했다. 이는 같은 해 5월 지자체 선거를 의식한 자치단체장의 정치적 행보라는 비판이 제기되기도 했다. 하지만 선거가 끝나자 10월들어 공원 추가조성 등을 요구하며 협의회에 재가입했다. 시화MTV사업에 반대해봐야 실질적인 효과가 없다고 판단했기 때문이다.

특히 안산시와 공동보조를 취하면서 안산환경운동연합도 협의회를 탈퇴했다. 같은 해 6월 협의회가 MTV 924만㎡ 개발에 대한 잠정합의하자 안산환경운동연합은 11개 시민단체와 연대해 ‘MTV개발반대대책위’를 구성했다.

핵심적인 반대이유는 “기존 공단의 가동률이 80% 정도로 유휴 부지가 많은데도 새 공단을 짓겠다는 것은 개발이익을 노린 수공의 장삿속”이라는 것이다. 특히 환경운동연합, 녹색연합, 환경정의 등 전국 30여개 환경·지역·종교 단체들은 지난 7월말 ‘시화호보전 전국대책위원회’를 꾸려 시화지속협의회 논의의 문제점을 공개하고, 수공과 함께 공동조사단을 꾸려 환경영향 평가를 재실시하겠다는 입장을 밝혔다.

이에대해 협의회 참여 시민단체측에서는 “중앙 시민단체운동이 아직도 토론과 합의보다는 대립과 투쟁, 정부와의 독점적 논의구조, 가치중심적 운동에 치중하고 있어 지역운동과 대조적인 경우가 발생한다”고 말했다.