충청북도 감사원이 2019년 보건환경연구원 감사 결과를 공개했다. 감사에서 보건환경연구원은 △수의계약 부적정 △토양오염실태조사 시료채취 부적정 △유해인자 취급 근무자 배치 전 건강검진 미실시 등 6건에 대해 지적받았다. 

보건환경연구원은 정당한 사유 없이 입찰포기서를 제출해 수의계약 결격사유가 발생한 업체에 대해 관련 부서에 알리지 않은 것으로 드러났다. 수의계약 배제 기간도 지키지 않고서 해당 업체와 수의계약을 또다시 맺었다. 

각종 시약 및 재료 구매에서 예산 낭비도 초래됐다. 이런 경우 단일 사업으로 묶어 진행하면서 예산을 최소화 시켜야 하는데 동일 업체와 동일 날짜에 수차례에 걸쳐 수의계약을 체결했다. 보건환경연구원은 동일 사례가 발생하지 않도록 하겠다고 약속했다. 

또한 토양오염실태조사 시료 채취와 골프장 농약 잔류량 검사도 부적정하게 치러진 것으로 나타났다. 검사 시료가 법정 보관시한을 넘겼는데도 이를 가지고 실험을 진행하는 등 검사 과정에서 미흡한 조건이 발생했다. 

유해인자 취급부서 근무가 예정된 신규 채용자에게 배치 전 건강검진을 실시해야 한다. 근무 종사자를 대상으로 하는 특수건강진단과 차별을 두기 위해서다. 여기서 직업병 유소견 판정이 되면 작업 전환을 하거나, 작업장소를 변경하는 근가가 되기 때문에 배치 전 건강검진은 필수다.